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　　1培育抗病蟲害品種目前，在蘋果上已經獲得了抗蟲轉基因植株，所使用的抗蟲基因主要有Bt(Bacillusthypsininhibitor)和CpTI基因。Bt基因是從蘇云金桿菌分離出來的殺蟲結晶蛋白(ICP)基因。國外早在1991年就成功應用ICP基因轉化蘋果，1992美國批準將攜帶由ICP基因的轉基因蘋果植株進行田間試驗；國內程家勝等也應用Bt基因成功獲得了轉基因蘋果植株，并進行了抗蟲試驗。CpTI對許多害蟲都具有抗性，廣譜性是其最主要的優(yōu)點。國外利用CpTI基因于1992年成功轉化了綠袖蘋果；國內達克東等也應用CpTI基因轉化了皇家嘎拉，Southem雜交證明目的基因存在于蘋果基因組中。
　　蘋果抗病轉基因研究集中在抗火疫病(Erwinaamylovoea)方面，主要應用有attacinE、cecropinSB-37、cecropmShiva-1等基因。Norelli等用編碼裂解細菌細胞的4種基因(attacinE、SB-37、Shiva-1和henwhitelysozyme)用農桿菌介導法轉化砧木M7和皇家嘎拉獲得了250個轉化體系，溫室和田間鑒定表明攜帶有attacinE的轉化植株對疫病有極大抗性；用attacinE基因轉化M7，獲得的轉化植株對火疫病抗性大大提高，有的甚至能降低病害50％。還有報道將Shiva-1、attacinE導入皇家嘎拉，但溫室檢測轉基因植株對火疫病抗性不穩(wěn)定。
　　2選育矮化品種目前已從病原農桿菌中鑒定和克隆出一些與植物激素合成和代謝有關的基因，其中主要由ipt基因和rolA、rolB、rolC、rolD基因等，這幾種基因在植物體內表達可表現出植株的矮化性狀。Trifonova等利用農桿菌介導法將ipt基因導入澳洲青蘋，獲得的轉基因植株除了有兩個株系表現“灌中狀”外，其余形態(tài)均表現正常。Holefors等用rolA基因轉化砧木M26，獲得的轉基因植株樹體矮小，其中3個株系節(jié)間明顯縮短，3個株系的葉、根干重均降低。為增加半矮化砧木M26的矮化能力，將rolA、rolABC、擬南芥phyB和燕麥phyA基因導入M26中，結果發(fā)現前3種基因在轉基因植株體內過量表達，樹體均表現出不同程度的矮化能力。
　　3培育易生根品種受基因的控制，有些蘋果砧木在扦插和壓條繁殖時，生根極為困難，為了提高M26砧木生根能力，Lamber等將來自發(fā)根農桿菌Ri質粒的T-DNA區(qū)導入M26中，結果攜帶有Ri質粒的T-DNA的轉化植株有良好的根系，生根能力大大提高。roIB基因能在很多寄主植株上誘發(fā)毛根的形成。Welander等用roIB基因對砧木M26進行轉化研究，轉基因植株根系對生長素的敏感性增強，生根能力也相應提高。
　　4選育耐貯品種蘋果在貯藏過程中因果實熟化過程難以控制，常導致過熟、腐爛，從而造成極大的經濟損失。近年來，隨著分子生物學研究的逐步深入，利用基因工程技術來改良蘋果貯藏性成為可能。ACC氧化酶基因、ACC合成酶基因、PG(多舉半乳糖合成酶)基因已經從多種植物上克隆得到。在蘋果上，用反義ACC氧化酶、反義ACC合成酶、反義PG基因轉化皇家嘎拉蘋果，提高耐貯性的研究正在進行，已經獲得了轉基因植株，期待不久將培育出理想的耐貯品種。
　　5選育耐除草劑品種植物耐除草劑基因工程研究已取得了成功，目前植物遺傳轉化中常用als基因。在蘋果上，擬南芥的als基因通過農桿菌介導轉化皇家嘎拉蘋果獲得轉基因植株。在后繼研究中，獲得的種子用60mg/LGlean(綠貧隆)噴灑檢測其抗性，發(fā)現als基因按1：1的比例穩(wěn)定遺傳。